Nascido em Astúrias, Fernão era um rico empreendedor que vinha de uma família judaica. Era também comerciante e o representante oficial do banqueiro Jakob Fugger na Península Ibérica.  No início do século XVI, após o descobrimento do Brasil, conseguiu uma concessão para explorar os recursos naturais do país, juntamente com outros comerciantes portugueses.

Em 1502 Fernão obteve um contrato que permitia a exploração do pau-brasil, árvore característica do Brasil e de valiosa madeira. Assim, extraiu mais de 20 mil quintais de pau-brasil, que vendia em Lisboa em parceria com seus sócios. Lucravam cerco de 400% ou 500%.

Como recompensa por sua expedição e missão, Fernão Noronha ganhou a primeira capitania do mar, localizada no litoral. Chamada de Ilha de São João da Quaresma, o local é hoje conhecido como Fernando de Noronha.